De criminelen Leokadja Begbick, Dreieinigkeitsmoses en Fatty der Prokurist zijn op de vlucht. Ze komen op het idee om een nieuwe stad te stichten in het midden van de woestijn die de naam Mahagonny krijgt...
Het idee achter deze stad is dat mensen er kunnen genieten zonder te werken. Er is wel één zonde in de stad en dat is geen geld hebben, daarom willen de inwoners vooral rijke mensen lokken. Hoewel de stichters willen laten uitschijnen dat Mahagonny een utopische project is, ligt er een addertje onder het gras. De belofte van rust en eensgezindheid is om de eigenlijke intentie van de stichters te verdoezelen, namelijk veel winst proberen maken op het menselijk verlangen naar genot. Maar velen trappen in de val en de stad begint te groeien omdat mensen uit de hele wereld er naartoe trekken, op zoek naar geluk. Zo zijn er de houthakker Jimmy en de prostituee Jenny, de hoofdpersonages van het verhaal.
Na enige tijd begint Jimmy de valstrikstad te doorzien en vraagt hij zich af waarom hij geen geluk kan vinden hoewel hij de vrijheid heeft naar waar hij altijd verlangde. Jimmy’s verandering in zijn denkwijze vormt een belangrijk kantelmoment in het verhaal. Wanneer er kort daarna geruchten rondgaan dat er een orkaan op komst is die de stad zal vernielen, worden de inwoners nog overweldigd door een gevoel van gezamenlijke nietigheid en kwetsbaarheid. Maar nadat de stad gespaard wordt door de orkaan, is Mahagonny anders. Vanaf nu is het motto ‘alles mag’ waardoor de basisbehoeften van het genot zoals eten, vechten en seks op een extreme manier worden beleefd. En dat met catastrofale gevolgen.